COVID-19 là một bệnh truyền nhiễm liên quan đến viêm đường hô hấp cấp do virus SARS-CoV-2 gây ra. Cơ chế xâm nhập và lây nhiễm của nó được biết đến thông qua protein S, 3CLpro, enzym chuyển đổi angiotensin 2 (ACE2) và ARN polymerase phụ thuộc RNA (RdRp). Vì thế, chúng là các đích quan trọng trong sự ức chế lây nhiễm virus SARS-CoV-2. Cây Xuyên tâm liên (Andrographis paniculata) được chứng minh là có khả năng ức chế sự nhân lên của một số virus. Nghiên cứu này đánh giá tác dụng ức chế các đích protein S, 3CLpro, ACE2 và RdRp của các hợp chất trong cây Xuyên tâm liên bằng phương pháp docking phân tử. Cấu trúc 3D của RdRp, main protease (3CLpro), protein S và ACE2 được lấy từ Ngân hàng dữ liệu protein RCSB. Các hợp chất được thu thập từ các tài liệu về thành phần hóa học của cây Xuyên tâm liên và các cấu trúc này được lấy từ cơ sở dữ liệu PubChem. Thực hiện docking phân tử bằng phần mềm Autodock vina. Luật 5 Lipinski được sử dụng để đánh giá khả năng đặc tính giống thuốc của các hợp chất. Thông số dược động học của các hợp chất tiềm năng được đánh giá qua công cụ pkCSM. Dựa trên các công bố trước đây về cây Xuyên tâm liên, 22 hợp chất thu thập được là thành phần hóa học chính có trong cây. Kết quả cho thấy, hợp chất 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide có tác dụng ức chế mạnh trên cả 2 đích RdRp và enzym 3CLpro của virus SARS-CoV-2. Phân tích dựa trên luật 5 Lipinski cho thấy, hợp chất 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19- dideoxyandrographolide có đặc tính giống thuốc. Ngoài ra, kết quả dự đoán thông số dược động học cho thấy, hợp chất này có khả năng hấp thu ở ruột rất tốt và độc tính thấp. Vì vậy, 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide là hợp chất tiềm năng có thể trở thành thuốc điều trị COVID-19 từ cây Xuyên tâm liên.
Covid-19 is an infectious disease associated with acute respiratory infections caused by the SARS-CoV-2 virus. Its entrance and infection mechanisms have been identified as S protein, main protease (Mpro or 3CLpro), angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). As a result, they are critical targets in the prevention of SARS-CoV-2 viral infection. Andrographis paniculata has been shown to be potentially effective in the treatment of several viruses. This study evaluated the inhibitory effects of compounds in Andrographis paniculata against the S protein, 3CLpro, ACE2, and RdRp targets by molecular docking method. The 3D structure of the SARS-CoV-2 RdRp, 3CLpro, S protein and ACE2 were obtained from the RCSB Protein Data Bank. Compounds were collected from the publication of Andrographis paniculata and these structures were obtained from the PubChem database. Molecular docking was done by AutoDock Vina software. Lipinski rule of five is used to compare compounds with drug-like and non-drug-like properties. Pharmacokinetic parameters of potential compounds were evaluated using the pkCSM tool. Based on previous publications of Andrographis paniculata, 22 main compounds were collected. The results showed that the compound 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19- dideoxyandrographolide had a strong inhibitory effect on both the RdRp and 3CLpro targets of SARS-CoV-2 virus. Analysis of Lipinski 5’s rule exhibited that 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19-dideoxyandrographolide has drug-likeness properties. In addition, the results of predicting pharmacokinetic parameters indicated that this compound had good intestinal absorption and low toxicity. The compound 3-O-beta-D-Glucopyranosyl-14,19- dideoxyandrographolide is a potential compound to become the therapeutic drug Covid-19 from Andrographis paniculata.
- Đăng nhập để gửi ý kiến