Xác định tỉ lệ và đặc điểm phân bố của các dòng vi khuẩn lao mới lưu hành tại Đồng Tháp. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Thu thập mẫu các chủng vi khuẩn lao từ mẫu đàm sau nuôi cấy dương tính ở bệnh nhân được chẩn đoán xác định mắc bệnh lao các thể, tại các tổ chống lao thuộc huyện, thị xã, thành phố và bệnh viện lao tỉnh Đồng Tháp. Các chủng vi khuẩn lao được ly trích DNA và thực hiện kỹ thuật giải trình tự bộ gen vi khuẩn lao bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: New generation sequencing). Phân tích dữ liệu gen có được bằng các phần mềm tin sinh học. Kết quả: Trong 195 mẫu chủng vi khuẩn lao phân tích được, Tỉ lệ dòng Bejing chiếm 46,1%, dòng EAI chiếm 47,2% và dòng T/H chiếm 6,7%. Các dưới dòng vi khuẩn lao được phát hiện, dòng Bejing có dưới dòng Bejing-RD181 chiếm cao nhất (67,8%), dòng EAI có dưới dòng EAI4-VNM chiếm cao nhất (76%) và dòng T/H có dưới dòng T/H chiếm 38,5% và dưới dòng T1/T2/T3/T5 chiếm 30,8%. Các dưới dòng khác chiếm tỷ lệ thấp. Dòng Bejing phổ biến ở nhóm bệnh nhân lao kháng thuốc (85,2%), nhóm bệnh nhân lao cộng đồng (55,2%) và lao tái phát (72,7%), lại thuộc dòng EAI là chủ yếu. Nhóm bệnh nhân mắc lao nặng tại bệnh viện, chủng vi khuẩn lao phân bố đều ở cả 3 dòng: Bejing (46,3%), EAI (41,5%) và T/H (12,2%). Kết luận: Các chủng vi khuẩn lao mới của tỉnh Đồng Tháp thuộc dòng Bejing và EAI chiếm ưu thế.
To determine the distributing proportion and genetic characteristics of Mycobacterium tuberculosis lineages in Dong Thap province. Materials and methods: The Mycobacterium tuberculosis samples collected from patients was diagnosed with all kinds of tuberculosis at the tuberculosis group in district, town, city and hospital of Dong Thap province. The collected samples were isolated and bacterial DNA was extracted, whole genome sequenced and data were analysed using bioinformatic tools. Results: Among 195 samples of tuberculosis strains analyzed, the rate of Bejing strain accounted for 46.1%, EAI strain accounted for 47.2% and T/H strain accounted for 6.7%. Among the tuberculosis strains detected, in Bejing linage, the sub-strain Bejing-RD181 accounted for the highest (67.8%). In EAI linage, the substrain EAI4-VNM accounted for the highest (76%) and in the T/H linage, the substrain T/H accounted for 38.5% and T1/T2/T3/T5 accounted for 30.8%. The other substrains account for a low percentage. The Bejing strain was common among patients with drug-resistant TB (85.4%). The community-based TB patients (55.2%) and recurrent TB (72.7%) belonged to the EAI lineage mainly. In the group of patients with severe TB at the hospital, TB strains were evenly distributed in all 3 strains: Bejing (46.3%), EAI (41.5%) and T/H (12.2%). Conclusions: The findings of the study has showed that the new tuberculosis strain of Dong Thap province belong to the Bejing and EAI strains predominate.
- Đăng nhập để gửi ý kiến