Ức chế đồng thời hai thụ thể CCR5- và CXCR4 là một hướng đi mới trong phát triển liệu pháp phòng và điều trị HIV-1. Nghiên cứu này nhằm mục đích sàng lọc ảo các hoạt chất có nguồn gốc từ dược liệu Việt Nam có tác dụng ức chế đồng thời CCR5 và CXCR4 bằng mô hình docking phân tử. Cấu trúc tinh thể tia X của hệ CCR5 (4mbs) và CXCR4 (3odu) được lấy từ ngân hàng dữ liệu protein. Mô phỏng docking được tiến hành bằng cách sử dụng đồng thời 2 phần mềm Autodock vina và ICM. Hơn 1300 hợp chất tự nhiên đã được sàng lọc và ái lực liên kết của chúng được so sánh với ái lực liên kết của Maraviroc và ITD. Kết quả cho thấy có 27 hợp chất tiềm năng ức chế đồng thời hai thụ thể CCR5 và CXCR4 của vi rút. Trong số đó, hai hoạt chất 1-hydroxysyringaresinol từ Pseuderanthemum carruthersii và ombousid từ Gynostemma pentaphyllum cho thấy hoạt tính sinh học tốt nhất và có đặc điểm hóa lý phù hợp để nghiên cứu sâu hơn. Đây là hai hợp chất tiềm năng để nghiên cứu và phát triển thuốc phòng và điều trị HIV-1.
Investigation of CCR5 and CXCR4 inhibitors, the two HIV-1 co-receptors, has the potential to search for new anti-HIV-1 agents. In the present study, a virtual screening for multitargeted CCR5 and CXCR4 inhibitors from Vietnamese natural products has been carried out using molecular docking simulations. The X-ray crystal structures of CCR5 (4mbs) and CXCR4 (3odu) have been retrieved from the Protein Data Bank as target models. A consensus docking protocol was developed using ICM and Autodock Vina packages. More than 1300 natural compounds were screened and their binding affinity was compared to that of maraviroc and ITD, two well-known inhibitors of viral CCR5 and CXCR4 targets. The results showed that 27 out of 1376 compounds were able to target viral CCR5 and CXCR4 receptors simultaneously. Among them, 1-hydroxysyringaresinol from Pseuderanthemum carruthersii and ombousid from Gynostemma pentaphyllum showed the best bioactivity profiles. Physicochemical calculations also demonstrated their suitability to be further investigated as novel anti-HIV-1 agents.
- Đăng nhập để gửi ý kiến