Website được thiết kế tối ưu cho thành viên chính thức. Hãy Đăng nhập hoặc Đăng ký để truy cập đầy đủ nội dung và chức năng. Nội dung bạn cần không thấy trên website, có thể do bạn chưa đăng nhập. Nếu là thành viên của website, bạn cũng có thể yêu cầu trong nhóm Zalo "NCKH Members" các nội dung bạn quan tâm.

Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen NGS khảo sát các đa hình nucleotide trên gen F9

nckh
Thông tin nghiên cứu
Loại tài liệu
Bài báo trên tạp chí khoa học (Journal Article)
Tiêu đề
Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen NGS khảo sát các đa hình nucleotide trên gen F9
Tác giả
Vũ Thị Bích Hường; Trần Tuấn Anh; Nguyễn Thanh Ngọc Bình; Nguyễn Thị Mai; Bạch Quốc Khánh; Dương Quốc Chính
Năm xuất bản
2022
Số tạp chí
1
Trang bắt đầu
242-247
ISSN
1859-1868
Tóm tắt

Hemophilia B là bệnh lý rối loạn chảy máu có tính chất di truyền. Chẩn đoán người mang gen có vai trò quan trọng trong kiểm soát nguồn gen bệnh, hạn chế tỷ lệ mắc bệnh mới. Mục tiêu: (1) Khảo sát để xác định các đa hình nucleotide có tỷ lệ dị hợp tử cao làm cơ sở để chẩn đoán người mang gen bằng phương pháp phân tích liên kết. (2) Bước đầu đánh giá hiệu quả của bộ đa hình trong chẩn đoán người mang gen hemophilia B bằng phương pháp phân tích liên kết. Mẫu nghiên cứu: Máu ngoại vi từ 100 người phụ nữ khỏe mạnh đang tham gia hiến máu tại Viện Huyết học - Truyền máu TW (phục vụ mục tiêu khảo sát đa hình nucleotide); 20-30 người phụ nữ trong các gia đình bệnh nhân hemophilia B (phục vụ mục tiêu đánh giá hiệu quả bộ chỉ thị đa hình). Phương pháp: Giải trình tự gen F9 (35kb) của 100 người phụ nữ khỏe mạnh. Phân tích dữ liệu giải trình tự, lựa chọn các đa hình có tỷ lệ dị hợp tử cao. Phân tích mối liên kết giữa các đa hình. Thiết lập bộ chỉ thị đa hình có giá trị trong chẩn đoán Đánh giá hiệu quả bộ đa hình bằng cách khảo sát tỷ lệ dị hợp tử của bộ đa hình trên 23 người mang gen bệnh. Kết quả: (1) Chúng tôi đã khảo sát các đa hình nucleotide trên toàn bộ gen F9 và thiết lập được bộ chỉ thị đa hình có giá trị thông tin gồm 5 SNP: rs378815, rs3817939, rs4149670, c.89-1859 C>G, rs392959 với tỷ lệ dị hợp tử lần lượt là 41%, 43%, 29%, 48%, 47%. (2) Hiệu quả chẩn đoán của 5 SNP đạt 100% khi đánh giá trên 23 mẫu người mang gen.

Abstract

Hemophilia B is a bleeding disorder which inherited through generation. Genetic screening for carriers plays important role in disease control and reducing. patient number. In which, linkage analysis using genetic polymorphism linked to F9 gene is a predominant diagnosis in developing countries. Aim of study: (1) Design panel of markers for linkage analysis of carriers for hemophilia B in Vietnam and (2) Preliminary evaluate the efficacy of marker panel for linkage analysis for hemophilia B carriers. Donors and samples: Peripheral blood sample of 100 healthy blood donors at the National Institute of Hematology and Blood Transfusion, for polymorphism analysis, of 20-30 females related to hemophilia B patients, for marker panel evaluation. Methods: Sequence analysis of F9 gene (35kb) for 100 healthy females using next-generation sequencing. Data analysis using bioinformatic software to select most informative markers for linkage analysis. Next, correlation among informative markers is analyzed to create diagnostic panel for hemophilia B. At last, the designed panel is applied with 23 female carriers for efficiency evaluation. Results: (1) We successfully analyzed polymorphism links to F9 gene and created a panel of 5 SNP, including rs378815, rs3817939, rs4149670, c.89-1859 C>G and rs392959 with highly heterozygous frequency. (2) Further analyses for 23 female carriers related to hemophilia B patients demonstrated the efficacy of the panel with 100% of successful cases.