Kết hợp qui tắc Lipinski và phương pháp docking được sử dụng cho sàng lọc thô để tìm các hợp chất tiềm năng nhất từ ngân hàng hợp chất CHEMSPIDER, ngân hàng này có khoảng 1,4 triệu hợp chất (2013). Năng lượng liên kết ΔEbind thấp nhất thu được bằng phương pháp docking được xem như một hàm chấm điểm cho việc chọn các phối tử tiềm năng. Sàng lọc thô thu được các hợp chất tiềm năng với năng lượng thấp hơn -11.0 kcalmol-1 cho khả năng ức chế kênh M2 protein của virus cúm A H5N1. Bởi vì khả năng sàng lọc của phương pháp docking bị hạn chế nên các hợp chất tiềm năng được nghiên cứu chi tiết hơn bằng phương pháp SMD. Sử dụng phương pháp SMD là thay vì xác định năng lượng liên kết tự do, lực bứt ra (Fmax) để tách phối tử khỏi thụ thể được xem như là năng lượng liên kết. Lực bứt ra cao hơn điều đó có nghĩa phối tử bám vào thụ thể tốt hơn.
Combining Lipinski’s rule and docking method were used as a virtual screening tool to find out top hits from the large data base CHEMSPIDER with more than 1.4 million compounds. The lowest binding energy ΔEbind obtained in the best docking mode was chosen as a scoring function for selecting top ligands. Virtual screening has obtained top-leads compounds with binding energy less than -11.0 kcal.mol-1 for inhibition the M2 protein channels of influenza A virus H5N1. Since the predictive power of the docking method is limited, top-leads were selected for further study by the more precise steered molecular dynamics method. The main idea of this method is that instead of the binding free energy, the rupture force needed to unbind a ligand from a receptor used as a measure of binding affinity. The higher is rupture force, and the stronger is binding.
- Đăng nhập để gửi ý kiến