Real-time PCR là kĩ thuật phổ biến trong chẩn đoán sinh học phân tử, được sử dụng trên nhiều hệ thống máy real-time khác nhau. Mỗi hệ thống có sự khác biệt về bộ phận gia nhiệt, nguồn sáng kích thích, hệ thống phát hiện huỳnh quang và phần mềm phân tích số liệu. Vì thế khi sử dụng các hệ thống máy khác nhau có thể ảnh hưởng đến giới hạn phát hiện của mẫu sinh phẩm. Nghiên cứu của chúng tôi nhằm tối ưu hóa ngưỡng threshold để đảm bảo các thông số hiệu suất phản ứng (E) và hệ số tuyến tính (R2) của đường chuẩn sử dụng để định lượng methyl hóa LINE-1 trên ba hệ thống real-time PCR Applied Biosystems™ 7500, QuantStudio™5 Dx và abCyclerQ (AIT Biotech). Chúng tôi đã xác định ngưỡng threshold thích hợp để xây dựng đường chuẩn đảm bảo hệ số tuyến tính R2 và hiệu suất khuếch đại E tương đồng nhau trên ba hệ thống máy (R2 > 0,999, E ≥ 95%). Áp dụng các thông số tối ưu cho ba hệ thống Applied Biosystems™ 7500, QuantStudio™5 Dx, abCyclerQ (AIT Biotech) cho phép xác định tỷ lệ methyl hoá yếu tố vận động LINE-1 ở 50 mẫu DNA tự do trong máu ngoại vi của bệnh nhân ung thư phổi đều có giá trị như nhau, chứng tỏ cả ba hệ thống máy đều có thể sử dụng thay thế lẫn nhau trong phân tích methyl hóa LINE-1.
Real-time PCR is currently one of the most powerful molecular approaches and is widely used in molecular biology diagnostics. Today, many real-time PCR systems differ in the thermal block, the excitation source, the fluorescence detection system, and the data analysis software. Therefore, using different systems may affect the detection limit of biological samples. Our study aims to optimize the threshold to ensure the amplification efficiency (E) and correlation coefficient (R2) of the standard curve used to quantify LINE-1 methylation on three real-time PCR systems, including: Applied Biosystems™ 7500, QuantStudio™5 Dx; and abCyclerQ (AIT Biotech). We determined a proper threshold to build a standard curve on the three systems, which ensures the correlation coefficient (R2) and the amplification efficiency (R2 > 0.999, E ≥ 95%). Therefore, it is possible to use interchangeably in Applied Biosystems™ 7500, QuantStudio™5 Dx, and abCyclerQ (AIT Biotech) in LINE-1 methylation analysis.
- Đăng nhập để gửi ý kiến