Nghiên cứu xây dựng và đánh giá đặc tính quy trình kỹ thuật NGS xác định đột biến kháng thuốc trên đoạn gen pol của vi rút HIV-1 và áp dụng kỹ thuật NGS để phát hiện các đột biến kháng thuốc trên mẫu lâm sàng của bệnh nhân thu thập tại miền Bắc Việt Nam. Số liệu cho thấy quy trình thiết lập nên có giới hạn phát hiện là 1000 copies/ml; độ chụm của phương pháp tốt, thể hiện thông qua độ lặp lại về kết quả trình tự và đột biến cao; các đột biến kháng thuốc quan trọng xác định bởi kỹ thuật Sanger đều được xác định bởi NGS. Khi áp dụng trên mẫu lâm sàng, với ngưỡng phát hiện 5%, ngoài những đột biến xác định được bởi kỹ thuật Sanger, kỹ thuật NGS phát hiện thêm một số đột biến quan trọng xuất hiện ở tần số từ 1,74-99,17%. Kết quả nghiên cứu là cơ sở ban đầu để PTN trang bị năng lực thực hiện các xét nghiệm dựa trên công nghệ tiên tiến, áp dụng trong chẩn đoán, nghiên cứu và giám sát HIV kháng thuốc.
In order to determine drug resistance mutations by advanced technology of next - generation sequencing (NGS), we conducted the study to (1) Develop and evaluate the characteristics of NGS procedure to determine HIV-1 drug resistance mutations on pol gene and (2) Apply NGS to detect drug resistance mutations on pol gene in the clinical samples of the patients collected in the North Vietnam. The results showed that the detection limit of the assay was 1000 copies/ml; the accuracy was good with high inter- and intra-repeatability of sequences and mutations; all the major drug resistance mutations detected by Sanger sequencing were determinined by NGS. In application of NGS on the clinical samples, with detection threshold of 5%, in addition to the mutations detected by Sanger sequencing, NGS could detect other major mutations with frequencies from 1.74 - 99.17%. The study outcomes increased the capacity of our laboratory in establishment of the testings based on the advanced technologies, in order to apply in diagnosis, research and surveillance of HIV drug resistance.
- Đăng nhập để gửi ý kiến